Strukturen herunterladen

Geben Sie PDB-IDs ein, die durch Komma oder Leerzeichen getrennt sind. Hinweis: Das Download-Tool wird als eigenständige Anwendung mit dem Java Web Start-Protokoll gestartet.&nbspMehr Download-Hilfe&nbsp Pfadkarten erkunden, die Pfadkomponenten mit PDB-Strukturen und Homologiemodellen identifizieren. Laden Sie eine FASTA-Datei mit&nbspall&nbspPDB-Sequenzen herunter:&nbspunkomprimiert |&nbspgzipped Die Schiebereglergrafik vergleicht wichtige globale Qualitätsindikatoren für eine bestimmte Struktur mit dem PDB-Archiv. Globale Perzentilränge (schwarze vertikale Boxen) werden in Bezug auf alle röntgenstrukturen berechnet, die vor 2011 verfügbar waren. Auflösungsspezifische Perzentilränge (weiße vertikale Felder) werden unter Berücksichtigung von Einträgen mit ähnlicher Auflösung berechnet. Geben Sie PDB-IDs ein, die durch Komma oder Leerzeichen getrennt sind.&nbspHilfe herunterladen&nbsp Beispiele finden Sie in den Seiten Strukturzusammenfassung für&nbsp1CBS&nbsp(1.8″ Struktur eines kleinen Proteins und eines Liganden&nbsp, ein Eintrag mit besserer Gesamtqualität im Vergleich zu allen Röntgenstrukturen) und&nbsp1FCC&nbsp(eine 3,2″ Struktur mit schlechterer Gesamtqualität im Vergleich zu allen Röntgenstrukturen). Validierungsberichte für Manuskriptprüfer werden während der Anmerkung hinterlegter Strukturen erstellt. Laden Sie den Geschäftsbericht 2019 (PDF) herunter, um einen Überblick über die Aktivitäten im Zusammenhang mit Deposition/Biocuration, Archive Management/Access, Data Exploration und Outreach/Education zu erhalten. Laden Sie alle Liganden herunter, einschließlich Liganden, die veraltet oder nicht verwendet sind, oder einfach alle Liganden, die derzeit in PDB-Strukturen verwendet werden. Diese Grafik stammt aus dem&nbspwwPDB&nbspValidierungsbericht&nbsp, der eine detailliertere Bewertung der Qualität einer Struktur ermöglicht und spezifische Bedenken aufzeigt.

Diese Berichte wurden mit den Empfehlungen von wwPDB Validation Task Forces erstellt.Das vollständige wwPDB Validation Report PDF steht zum Download zur Verfügung.&nbspPDFs von&nbspRamachandran-Plots (erstellt von MolProbity) werden zur Verfügung gestellt, um eine unabhängige Methode zur Bewertung der Konformationsqualität von Proteinstrukturen anzubieten. Überprüfen Sie Ihre Röntgen-, NMR- oder EM-Strukturen vor der Einzahlung (Standalone-Server). Sehen Sie sich ikonische Illustrationen des begnadeten Künstlers Irving Geis (1908-1997) im Zusammenhang mit PDB-Strukturen und pädagogischen Informationen an. Zeigen Sie PDB-Strukturen in 3D mithilfe von NGL von der Strukturübersichtsseite eines Eintrags an. Haben nicht-atomare Koordinaten, mehrskanare Strukturen durch integrative/hybride (I/H) Methoden erhalten? Pfand bei PDB-Dev, einem Prototyp-Depositions- und Archivierungssystem für Strukturmodelle, das durch integrative/hybride (I/H) Methoden gewonnen wird. Der programmgesteuerte Zugriff auf einzelne Strukturen und/oder spezifische Datenelemente erfolgt über WEB Service Application Program Interfaces (APIs). Ab&nbspTue Jun 16 2020 gibt es 165422 Strukturen. Von jeder Seite auf der Website aus kann eine Basissuche ausgeführt werden, indem ein Suchbegriff in die obere Suchleiste eingegeben wird. Der JSmol-Symmetrieanzeigemodus (wählen Sie die Symmetrietaste) hebt die globale, lokale und spiralförmige Symmetrie zwischen Untereinheiten hervor. In der Ansicht werden die Symmetrieachsen, ein Polyeder, das die Symmetrie widerspiegelt, und ein Farbschema, das die Symmetrie hervorhebt, angezeigt.

Als Mitglied der wwPDB kuratiert und notiert die RCSB PDB PDB-Daten. Auf Karten kann über die Proteinansicht (siehe Beispiel&nbspP29401) und die Hauptseite&nbspPathway View zugegriffen werden. Das Verständnis von PDB-Daten ist ein Verweis, um einzelne PDB-Einträge zu untersuchen und zu interpretieren. Ermöglichung der strukturellen Erforschung von COVID-19; Beta-Test neue Funktionen; Kuratierte Dateien für den 3D-Druck; und mehr.&nbspSpring 2020 Ausgabe Was zu zitieren: Der grundlegende Algorithmus wurde von Pritchard, Stephens & Donnelly (2000) beschrieben. Erweiterungen der Methode wurden von Falush, Stephens und Pritchard (2003) und (2007) und Hubisz, Falush, Stephens und Pritchard (2009) veröffentlicht. Wenn Sie einen Begriff eingeben, werden Vorschläge im Dropdown-Menü angezeigt, das unter der Suchleiste angezeigt wird. Die Vorschläge sind nach Attributnamen gruppiert und geben in dem bestimmten Feld oder den Feldern an, in denen der Suchbegriff gefunden wurde. Fragen und Diskussion: Es gibt ein Structure-Diskussionsforum, an das Sie Fragen richten können.